أقول: ربما يتبادر إلى الذهن أنه لماذا دُفن الإمام الهادي (عليه السلام) في داره؟ ولماذا لم يُدفن في المقابر العامة كما هي العادة؟. والسبب في ذلك على ما ذكره المؤرخون ومنهم اليعقوبي: أن اجتماع الناس في دار الإمام الهادي وخارجها كان عظيماً جداً، ولم تتسع الدار لإقامة الصلاة على جثمان الإمام، ولهذا تقرر أن يخرجوا الجثمان المقدس إلى الشارع المعروف بشارع أبي أحمد وهو من أطول شوارع سامراء وأعرضها، حتى يسع المكان لأداء الصلاة. فلما أخرجوا الجثمان الأطهر ارتفعت أصوات الناس بالبكاء والضجيج. وكان أبو أحمد بن هارون الرشيد، المبعوث من قبل المعتز العباسي للصلاة على جثمان الإمام لما رأى اجتماع الناي وضجتهم أمرَ بردِّ النعش إلى الدار حتى يدفن هناك. ذکری وفاة السید محمد بن الامام علی الهادی (علیهما السلام)- الأخبار ثقافة و علوم - وکالة تسنیم الدولیة للأنباء. كل ذلك لمنع الناس من مراسم التشييع والتجليل عن جثمان الإمام وخوفاً من هياج عواطف الناس، وتعبيرهم عن ولائهم للإمام. فإن المعتز العباسي الذي دسَّ السم عن طريق عملائه إلى الإمام الهادي (عليه السلام) وقضى على حياة الإمام لما رأى أن هدفه قد تحقق، وأن الإمام فارق الحياة، أرسل المعتز أولاده إلى دار الإمام، وكأنهم يشاركون أولاد الإمام في مصيبة أبيهم؟!. وأرسل المعتز أبا أحمد بن هارون الرشيد ليصلي على جنازة الإمام، كل ذلك تغطية للجريمة، وابتعاداً عن موضع التهمة على حد زعمهم.
ويذكر أنّ نسب السادات آل البعّاج في العراق ومنطقة خوزستان، يصل إلى السيّد علي والسيّد أحمد أولاد السيّد محمّد البعّاج. مكانته (رضوان الله عليه) كان السيّد محمّد جليل القدر، عظيم المنزلة، عالماً عابداً، وكانت جلالته وعظم شأنه أكثر من أن يذكر. وكان أكبر ولد الإمام الهادي(عليه السلام)، لذا كان كثير من الشيعة في زمان أبيه الإمام الهادي(عليه السلام) يظنّون أنّه الإمام بعد أبيه، ولكنّ موته في حياة أبيه أوضح أنّ الإمام من بعده الإمام الحسن العسكري(عليه السلام). إنّ الإمامة إن عدتك فلم ** تكن تعدوك كلا رفعةً ومقاما يكفي مقامك أنّه في رتبةٍ ** لولا (البدا) لأخيك كنت إماما مجيئه إلى سامراء تركه الإمام الهادي(ع) طفلاً في المدينة المنوّرة لمّا استُدعي وأُتي به إلى العراق، ولمّا كبر السيّد محمّد قدم إلى سامراء لرؤية أبيه، ثمّ عزم على الرجوع إلى الحجاز، فلمّا بلغ منطقة بلد ـ على تسعة فراسخ من سامراء من منطقة دجيل بطريق بغداد ـ مرض وتُوفّي فيها سلام الله عليه.