يتساءل الكثير عن اسم الخليفة الذي قضى على فتنة الخوارج. والإجابة هي: الخليفة الذي قضى على فتنة الخوارج هو الخليفة العباسي هارون الرشيد. أثرت فتنة الخوارج على الخلافة الإسلامية كلها، وكان لابد أن يتصدى لها أحد حتى لا تنتشر الفتنة قي صفوف المسلمين. ظهرت جماعة تسمى الخوارج أثناء الفتنة التي دارت بين جماعة علي بن أبي طالب وجماعة معاوية بن أبي سفيان. بعد وفاة سيدنا معاوية وسيدنا على استمرت جماعة الخوارج في نشر الفوضى والعشوائية والعنف بين صفوف المسلمين. تصدى لها العديد من الخلفاء المسلمين ولكن لم يستطيعوا السيطرة عليهم. تأثرت خلافة بني أمية وخلافة بني عباس بشكل كبير بسبب الفوضى التي سببها الخوارج. رغم محاولة الكل السيطرة عليهم استمروا في الانتشار. مع الوقت قل نفوذهم بشكل ملحوظ حتى جاء الخليفة هارون الرشيد. قرر هارون الرشيد ان ينهي وجود ونفوذ الخوارج تمامًا، ولذلك وضع خطة محكمة للقضاء عليهم. كان السبب الأساسي وراء القرار الذي أتخذه الخليفة للقضاء عليهم هو محاولتهم المستمرة في الانفصال عن الدولة العباسية. قرر الوليد بن طريف التغلبي وهو قائد من قواد الخوارج، أن يقوم بشن ثورة كبيرة للغاية، تكون هذه الثورة بوابة للاستقلال.
مَن ابن ملجم؟ ابن ملجم أحد الخوارج وله صفات عدة: أولاً مسلم في الظاهر وأيضاً هو ذلك المسلم المتعبّد جداً الذي يقرأ القرآن حفظاً وعلى نحو جيّد، ومتعصّب ومتمسّك بإسلامه جداً! صفته الثانية أنه لا يقبل أحداً ولا حتى عليّاً (ع) ولا يرى عليّاً (ع) مسلماً أيضاً! يعتقد أن عليّاً (ع) مساوم. يعتقد أن عليّاً (ع) عنصر غير ثوري. إنه يعارض عليّاً (ع) لأنه دعا إلى وقف الحرب مع معاوية في لحظة حساسة وخطيرة جداً وبسبب ضرورة كبيرة. فهل دافعه الحقيقي هو الدفاع عن الإسلام؟ لا بد من الشك في ذلك، لكن باسم الإسلام يتَّهِم أعظم المسلمين بالمساومة وبالرجعية. ولأنه يرى عليّاً (ع) رجعياً، يدّعي التقدّم والثورية. وباسم الإسلام و القرآن والثورية والتقوى والتمسّك بالإسلام والأخلاق الإسلامية والحَزْم، يَسفكُ دم أكثر الناس إسلاماً وورعاً وحزماً وفائدةً وقيمةً وأعظم أتباع الإسلام! كان خوارج النهروان عقدة صعبة كهذه في زمن عليّ (ع)، وهذا الخط باقٍ دائماً ولا يزال اليوم. في مراحل القرن الأول للإسلام كلها حتى القرنين الثاني والثالث، عندما كان هناك آثار للخوارج، نراهم بالوجه نفسه والمظهر عينه، أي ادعاء الإسلام واتهام أبناء الإسلام الحقيقيين، ومعاداة عقول الإسلام و القرآن وألبابهما.
سبب قتل على بن ابي طالب وبدا النبي صلي الله عليه وسلم بتطبيق سياسيته الرشيدة، ولكن رفض معاوية بن ابي سفيان الذي كان في ذلك الوقت واليا على الشام مبايعته بالخلافة ، طالبا منه بداية ان يقتص من قتلة عثمان بن عفان، وقد كان راي سيدنا على بن ابي طالب في ذلك الوقت ان الأولى هو استقرار الأمور في الدولة الإسلامية، غير غافلا عن ملاحقة المجرمين، والاقتصاص منهم، وبسبب ذلك حصل انشقاق بين المسلمين ومعارك بين على بن ابي طالب ومعاوية ، ونتج عن هذا الانشقاق ظهور جماعة وفرقة ضالة سميت بالخوارج، وكفرت هذه الجماعة الأمير الشرعي للمسلمين والكثير من المسلمين.