ويجمع مؤرخون أوروبيون تناولوا ما ورد عن النبي يوسف في التوراة على أنه إذا كان قد وصل إلى منصب أصبح معه اليد اليمنى لفرعون مصر، فلا بد أنه دفن في مصر، وفقا لما يميل إليه حتى مؤرخون إسرائيليون. ويقول الأب عطا الله حنا، الناطق باسم بطريركية الروم الأرثوذكس في فلسطين وشرق الأردن، إن "قبر النبي يوسف موجود في مصر، وإن كل البحوث العلمية والتاريخية تؤكد ذلك". مخاوف من إنشاء بؤر استيطانية لكن سلطات الاحتلال ترفض الاعتراف بهذه الرواية، وتصر على ادعاءات الحق في ضم الضريح ضمن مناطق "سيادتها"، وهو ما يستفز الفلسطينيين، الذين يبدون قلقهم من أن يعيد الاحتلال تكرار تجربة السيطرة على الحرم الإبراهيمي، عبر إنشاء بؤر استيطانية في منطقة "قبر يوسف"، وتفرض تقسيما زمانيا ومكانيا، كما هو الحال في المسجد الأقصى والمسجد الإبراهيمي. ويتصدى الفلسطينيون لمحاولات اقتحام القبر من قبل المستوطنين. ومنذ عام 1967، بدأت محاولات السيطرة على القبر، وكانت "هبة النفق" عام 1996 نقطة تحول بالنسبة لهذا الضريح، حيث جرت محاولات لإقامة بؤر استيطانية دائمة، وقد أسفرت الاشتباكات عن استشهاد ستة فلسطينيين. إسرائيل تتهم فلسطينيين بتخريب "قبر النبي يوسف" - زنقة 20. وفي عام 2000 أعيدت المحاولة، وتفاديا لوقوع قتلى من اليهود، سيطر الاحتلال عسكريا على القبر وتولى منح التصاريح للزوار من خارج المنطقة.
ويقول سفر (يوشع 24:32): "وعظام يوسف التى أصعدها بنو إسرائيل من مصر دفنوها فى شكيم فى قطعة الحقل التى اشتراها يعقوب من بنى حمور أبى شكيم بمائة قسيطة مغارة لبنى يوسف ملكا.... ". أما التلمود فيؤكد ذلك من خلال قول يوسف لإخوته: "أدفن فى المكان الذى منه أخذتموني".
ورد هذا الحديث عن الطبراني ورجال أبي يعلى الرجال، وأبو يعلى، بالإضافة إلى ذلك أجمع عليه ابن حكام والهيثمي، كما قام تصحيحه من قبل الألباني، وفي أحداث أخرى ورد أن قبر سيدنا يوسف بقي في مصر، ومن الجدير بالذكر بأن جميع الأنبياء لا يوجد لهم قبور، ماعدا قبر الرسول صلى الله عليه وسلم وقبر نبي الله إبراهيم -عليه السلام. أبرز الروايات عن مكان قبر سيدنا يوسف في التوراة بحسب الرواية التي وردت في التوراة فأنه النبي موسى -عليه السلام- قام بإخراج جثة سيدنا يوسف من مصر، ولكن ذلك غير دقيق، لأن النبي موسى -عليه السلام- دخل إلى مصر بعد مئتين عام من وفاة سيدنا يوسف وخلال هذه المدة الطويلة سوف يكون المكان الذي دفنه فيه غير معروف، بالإضافة إلى ذلك هذه الرواية وردت قبل ستمائة عام من مجيىء النبي موسى عليه السلام، لذلك تعتبر هذه الرواية الأقل دقة، كما أنه النقوشات المعمارية تنفي ذلك. في مدينة الخليل قد ورد عن بعض العلماء والمؤرخين أن قبر سيدنا يوسف -عليه السلام في منطقة الخليل الفلسطينية، استندت هذه الرواية إلى الخيالات والأحلام، حيث ورد أن أم الخليفة العباسي، رأت في منامها أن قبر سيدنا يوسف في الخليل وليس في نابلس كما ورد في الروايات الأخرى، وبعد أن رأت ذلك المنام أمرت بالذهاب إلى منطقة الحرم الإبراهيمي الشريف للبحث عن القبر.