معتبرا أن انتحار عامر كان أفضل قرار اتخذه المشير طوال حياته. وكذلك أكد رئيس هيئة العمليات بحرب أكتوبر، المشير الراحل محمد عبدالغنى الجمسى، مذكراته المنشورة عام 1998، على أن عامر توفي منتحرا. وجاء في بيان إعلان وفاة عامر والذي أذاعته الإذاعة المصرية" "وقع أمس حادث يدعو إلى الأسف والألم، إذ أقدم المشير عبد الحكيم عامر على الانتحار بابتلاع كمية كبيرة من مواد مخدرة وسامة، ورغم كل الإسعافات الطبية العاجلة، فإنه أصيب أمس بانهيار مفاجئ نتج عنه وفاته". وكذلك جاء قرار النائب العام المصري بخصوص الحادث مؤكدا على انتحار عامر، وجاء في نص التحقيقات أنه: ".. وبما أنه مما تقدم يكون الثابت أن المشير عبد الحكيم عامر قد تناول بنفسه عن بينة وإرادة مادة سامة بقصد الانتحار، وهو في منزله وبين أهله يوم 13 سبتمبر/أيلول 1967، قضى بسببها نحبه في اليوم التالي، وهو ما لا جريمة فيه قانونا، لذلك نأمر بقيد الأوراق بدفتر الشكاوى وحفظها إداريا". وأمام هذه الشهادات تأتي رواية أسرة المشير والتي تؤكد على أنه تعرض لاغتيال وأن المشير لم يقدم على الانتحار، وفي 2007 قالت الممثلة برلنتي عبد الحميد، زوجة المشير في هذا الوقت، إن زوجها أبلغها قبل موته عن مخاوفه من تعرضه للقتل، وأكدت على أن عامر مات مسموما.
ثم اطلعني على نص التقرير الطبي الأصلي الذي يثبت أن عامر مات مقتولا مع سبق الاصرار والترصد، وبطريقة ساذجة حيث دسوا له نوعا من السم المميت. وبذلك فقد شهد شاهد من أهله. واستند استنتاج هذا الباحث بمقتل المشير على قواعد علمية وتحقيقات قام بها مكلفا من الجهات الرسمية. ووصفت برلنتي عبد الحميد كتابات هيكل عن عبدالحكيم عامر بأنها غير عادلة بسبب انتمائه – هيكل – العاطفي لعبد الناصر، كما أنه لا يعرف الكثير عن العلاقة الوثيقة جدا التي جعلت من الاثنين – ناصر وعامر – أشبه بالتوأم، لدرجة أن هناك معلومة بأن الاثنين عندما كانا في كلية الحقوق وحصلا على تقدير ضعيف، استطاع عامر دخول الكلية الحربية اعتمادا على اسم خاله حيدر باشا، ثم توسط لعبد الناصر ليدخل الكلية نفسها. حكيم قال: سيقتلونني وقالت إن زوجها عبد الحكيم عامر ووالد ابنها "عمرو"، الذي كان رضيعا لم يتجاوز الشهرين في تلك الأيام، أخبرها بمخاوفه من أن تقوم أجهزة عبد الناصر بقتله للتخلص منه بسبب ما في حوزته من معلومات، كما أن عامر أخبر صلاح نصر – قائد المخابرات العامة في وقت الحرب – بتلك المخاوف. تتذكر برلنتي الاعلان الرسمي عن انتحار المشير عبد الحكيم عامر في 14 سبتمبر 1967، بعد حوالي ثلاثة شهور من انتهاء حرب الأيام الستة مستطردة: توقع بأنهم سيجعلونه كبش فداء للهزيمة، وأن ما يدور في الشارع وفي الاعلام عن تخاذل الجيش وقادته هو بمثابة تحضير لقتله، فعبد الناصر لم يكن ليرضى بأن يتحمل المسؤولية رغم أنه أخطأ عندما أعلن الحرب، فمعظم جيشه كان يحارب في اليمن وأسلحتنا متهالكة، وكنا في ذلك الوقت ننتظر معدات وأسلحة من الاتحاد السوفياتي.
بعد قيام ثورة اليمن في 26 سبتمبر/أيلول 1962، اعترفت مصر بها ورغبت في تدعيم الثوار الجدد فأرسلت جزءا كبيرا من قواتها المسلحة إلى هناك، وأسندت إلى عامر مهمة الإشراف عليها بصفته قائدا عاما للقوات المسلحة، فكانت أولى زياراته إلى اليمن عام 1963. في حرب يونيو/حزيران 1967 كان قائدا عاما للقوات المسلحة المصرية، وفاجأ الطيرانُ الإسرائيلي سلاحَ الطيران المصري، فدمّر معظم طائراته وهي رابضة في القواعد العسكرية والمطارات المدنية. ارتبك عبد الحكيم عامر وفقد القدرة على إدارة المعركة، فاتخذ قرارا سريعا بانسحاب الجيش المصري، ووقع ذلك بطريقة غير منظمة زادت من خسائر القوات المصرية. الوفاة تنحى عبد الحكيم عامر عن جميع مناصبه بعد هزيمة 1967، واعتصم في منزله بمحافظة الجيزة، ثم فُرضت عليه الإقامة الجبرية، وهو ما لم يحتمله تحت تأثير الهزيمة، فانتحر يوم 14 سبتمبر/أيلول 1967 ودفن في قريته أسطال.