عاد الصابوني شابا إلى سوريا ليعمل أستاذا للثقافة الإسلامية في ثانويات مدينته حلب، وبقي مدرسا حتى عام 1962 حيث انتدب للتدريس بكلية الشريعة والدراسات الإسلامية، وكلية التربية بالجامعة في مكة المكرمة قرابة ثلاثة عقود، وكان له درس يومي في المسجد الحرام، وآخر أسبوعي في أحد مساجد جدة، حيث فسّر القرآن الكريم لطلاب العلم. انتقل إلى رحمة الله تعالى صباح اليومِ الجمعة 6 شعبان 1442هـ، الموافق 19 مارس 2021: العلامةُ المفسِّر المعمَّر الشيخ محمد علي بنُ جميلٍ الصابونيُّ الحلبي، صاحبُ (صفوة التفاسير) وغيرِه من المصنفات ، رحمه الله تعالى وأسكنه الفردوس الأعلى في صحبة نبينا المصطفى ﷺ — أ. الشيخ محمد علي الصابوني و نوال السعداوي. د. أحمد عيسى المعصراوي (@elmasrw) March 19, 2021 وفاة الشيخ محمد علي الصابوني ب #تركيا أحد أبرز علماء الإسلام ومن المتخصصين في علم تفسير القرآن، وهو مؤلف كتاب "صفوة التفاسير" أحد أشهر كتب التفسير.. نسأل الله له الرحمة والمغفرة.. وأن يجازيه عن الإسلام والمسلمين خير الجزاء.. #الشيخ_محمد_الصابوني_في_ذمة_الله — جابر الحرمي (@jaberalharmi) March 19, 2021 وعينته بعدها جامعة أم القرى باحثا علميا في مركز البحث العلمي وإحياء التراث الإسلامي، ثم عمل بعد ذلك في رابطة العالم الإسلامي مستشارا في هيئة الإعجاز العلمي بالقرآن والسنة، لسنوات.
ونظراً لنشاطه العلمي في البحث والتأليف، فقد رأت جامعة أم القرى أن تسند إليه تحقيق بعض كتب التراث الإسلامي، فعيّن باحثاً علمياً في مركز (البحث العلمي وإحياء التراث الإسلامي)، فاشتغل في تحقيق كتاب (معاني القرآن) للإمام أبي جعفر النحاس، المتوفى سنة: 338 هـ، وقد خرج الكتاب في ستة أجزاء.
تعليمه:تلقى تعليمه الابتدائي في المدارس الثانوية في حلب، والتحق في المرحلة الإعدادية والثانوية بمدرسة التجارة، ولكنه لم يستمر بدراسته فيها، حيث التحق بالثانوية الشرعية في حلب والتي كانت تُعرَف باسم "الخسروية" فتخرج منها عام 1949، والتي درس فيها كل من التفسير والحديث والفقه وغيرها، بالإضافة إلى الكيمياء والفيزياء وغيرها من العلوم. محمد علي الصابوني. ونظراً لتفوقه في الدراسة في (الكلية الشرعية)، فقد ابتعثته وزارة الأوقاف السورية إلى الأزهر الشريف بالقاهرة على نفقتها للدراسة، فحصل على شهادة كلية الشريعة منها عام 1952، ثم أتمّ دراسة التخصص بحصوله على شهادة العالمية في القضاء الشرعي عام 1954م. حياته العلمية:بعد أن أنهى دراسته في الأزهر،، عاد إلى سوريا ليعمل أستاذاً لمادة الثقافة الإسلامية في ثانويات حلب، وبقي في مهنة التدريس حتى عام 1962. بعد ذلك انتدب إلى المملكة العربية السعودية لكي يعمل أستاذاً مُعاراً من قِبل وزارة التربية والتعليم السورية وذلك للتدريس بكلية الشريعة والدراسات الإسلامية، وكلية التربية بالجامعة بمكة المكرمة، فقام بالتدريس فيها لمدة اقتربت من الثلاثين عامًا. قامت بعدها جامعة أم القرى بتعيينه باحثاً علمياً في مركز البحث العلمي وإحياء التراث الإسلامي.