أما تاريخ المكتبة فقد ذكر صاحب كتاب خزائن الكتب العربية أن مكتبة المسجد النبوي الشريف تكونت قبل حريق المسجد النبوي في 13 رمضان عام 886 هـ ، حيث احترقت خزائن المصاحف والكتب في ذلك الحريق، تقع المكتبة في السطح الغربي للمسجد النبوي عند مدخل باب السلم الكهربائي العاشر. [2] قاعة المطالعة في المكتبة يتصدرها أمين المكتبة الشيخ أحمد فارسي أقسام المكتبة [ عدل] تحتوي المكتبة على سبعة أقسام هي: [3] قسم قاعات المطالعة: تضم المكتبة قاعات مطالعة للرجال وأخرى للنساء وأخرى للأطفال. قسم المخطوطات: يقع في الدور الثاني من باب عثمان بن عفان. قسم المكتبة الصوتية: يقع في الباب السابع عشر للمسجد النبوي، يقوم القسم بحفظ ما يلقى في المسجد النبوي الشريف من الدروس والخطب والصلوات. القسم الفني: ويقع بالباب التاسع، يقوم القسم بتجليد وترميم وتعقيم الكتب والمخطوطات. أقسام الفهرسة والتصنيف والتزويد والدوريات والمستودع: وتقع في الباب التاسع. قسم الكتب النادرة: يقوم القسم بحفظ الكتب النادرة من حيث قدم تاريخ الطبع أو الزخرفة أو الأشكال والصور. مكتبة المسجد النبوي الشريف. المكتبة الرقمية: تحتوي على أجهزة حاسب آلي متصلة بالشبكة المحلية للمسجد النبوي وشبكة الإنترنت، ويستفيد روادها بالبحث عن الكتب والموضوعات المختلفة المتوفرة في مكتبة المسجد النبوي وبرنامج المكتبة الشاملة والمكتبة الإسلامية الكبرى ومواقع إسلامية على الإنترنت، ومكانها في الجهة الغربية داخل المسجد النبوي في الباب الثاني عشر بالطابق الثاني.
خصصت مكتبة المسجد النبوي ركنًا خاصًا بكتب الاعتكاف وأحكام الصيام وفضائل العشر الأواخر، ضمن حرص واهتمام وكالة المسجد النبوي في تقديم الخدمات كافة للمعتكفين خلال العشر الأواخر من شهر رمضان المبارك، ويهدف ذلك إلى التسهيل على المعتكفين التفقه في الأحكام المتعلقة بالاعتكاف والأعمال الفضيلة التي يقوم بها المعتكف والمخالفات الواجب تجنبها خلال هذه الفترة، بالإضافة إلى أحكام وفضل الصيام و العشر الأواخر من رمضان وفضل ليلة القدر ما فيها من أجر عظيم. يأتي ذلك من ضمن توجيهات معالي الرئيس العام لشؤون المسجد الحرام والمسجد النبوي الشيخ الدكتور عبدالرحمن بن عبدالعزيز السديس، ولتحقيق تطلعات القيادة الرشيدة لتقديم أفضل وأرقى الخدمات لزائري المسجد النبوي.
9ـ وهناك أقسام أخرى مثل: البحث والترجمة: ويتم به بحث بعض المسائل ، حسب الحاجة ، وترجمة ما يحتاج إلى ترجمة عربية من اللغات الأخرى كالإنجليزية والفرنسية والأوردو ….. وغيرها ، والاطلاع على الكتب المهداه أو الموقوفة على الالمكتبة وإجازتها. وقسم الأمن والسلامة: ويقوم على مراقبة القاعات وتنظيم دخول وخروج الكتب إلى الأقسام وبين القاعات. وقسم الإهداء والتبادل: ويقوم بتوزيع ما يتوفر من كتب و مطويات على رواد المكتبة وغيرهم ، حسب النظام المتبع ، وتبادل بعض الأفلام والمصورات سواء ورقية أو على اسطوانات الليزر. وقسم الإعارة: ويقوم بتنظيم إعارة بعض الكتب الخاصة بالإعارة حسب النظام والترتيب الموضوع لذلك. جريدة الرياض | مكتبة المسجد النبوي تخصص ركنا لخدمة المعتكفين. أوقات فتح المكتبة تفتح المكتبة أبوابها يومياً من الساعة السابعة والنصف صباحاً إلى ما بعد صلاة العشاء بما في ذلك أيام الخميس والجمعة والعطل الرسمية ( لعيدي الفطر والأضحى) ويتم إغلاق المكتبة فقط عند إقامة الصلوات حتى تخدم المكتبة أكبر عدد من الباحثين والزائرين ، وليجد الباحث فرصة أوسع ليستفيد حسب الوقت الذي يتناسب مع ظروفه. محتويات المكتبة تضم المكتبة أكثر من ستين ألف كتاب مطبوع ، وخمسة آلاف كتاب مخطوط مابين أصول خطية ومصورات ورقية ومايكروفيلم ، وثلاثة آلاف دورية.